No princípio, existia apenas uma massa ocêanica viscosa. Desta emergiram uma substância semelhante ao junco, que se tornou uma divindade, e ao mesmo tempo, duas outras criaturas divinas, um macho e uma fêmea. Não se sabe grande coisa acerca desta trindade primordial; mas diz-se que, da "alta planície do céu" onde moravam, foram produzindo gerações e gerações de deuses e deusas até que, a certa altura, surgiram as divindades Izanagi e Izanami, nomes que querem dizer, respectivamente, "macho que convida" e "fêmea que convida".
Izanagi e Izanami desceram do céu para o caos oceânico, caminhando sobre um arco-íris, segundo a maioria das versões, como se fora uma ponte. Chegados ao oceano primordial, Izanagi mergulhou nele a sua lança. Ao levantá-la, as gotas que caíram da ponta solidificaram-se, formando assim a ilha de Ono-koro, "a que seca sozinha".
Apesar de Izanagi e Izanami serem irmãos, casaram-se na ilha de Ono-koro. Aprenderam a arte de amar através da observação de duas alvéolas e ainda hoje estes pássaros aparecem associados ao casal. Nem mesmo o deus dos espantalhos consegue assustar as alvéolas, a recompensa pelo bem que fizeram.
Entre a prole de Izanagi e Izanami contam-se acidentes geográficos, as outras ilhas japonesas, quedas d'água e montanhas, árvores, ervas e o vento. Foi o vento que completou a criação do Japão, pois, dispersando densas névoas que tudo cobriam, revelou pela primeira vez as ilhas japonesas no seu conjunto. O primeiro filho dos dois deuses morreu ainda no ventre da mãe e esta criatura, que se parecia com uma anêmona do mar, foi evidentemente colocada no fundo do oceano.
Todos os outros filhos sobreviveram. O último a nascer, depois de todas as ilhas japonesas terem sido criadas e povoadas, causou a morte da mãe, tratava-se do deus do fogo. Pouco depois de o ter dado à luz, Izanami adoeceu com febres altíssimas que a consumiam e que, finalmente, acabaram por matá-la. Izanami desceu então aos infernos, Yomi, a "terra da escuridão" onde, apesar dos seus protestos, Izanagi a seguiu. Izanami, para castigar o marido de a ter perseguido, escorraçou-o, ajudada por espíritos femininos horríveis, mas Izanagi conseguiu fugir para o mundo dos vivos. À saída de Yomi, Izanami gritou-lhe que, em vingança, despovoaria o mundo matando mil pessoas por dia, Izanagi replicou-lhe que, por cada mil pessoas que morressem, mil e quinhentas seriam criadas. Neste mito, o casal divino estabelece o modelo da natureza para todos os tempos e cria, pelo seu "divórcio", a vida e a morte. Izanagi, de facto, manteve a sua palavra e depois de uma purificação ritual que fez desaparecer as consequências da sua descida aos infernos, deu origem à deusa do Sol, ao deus da Lua e a Susanoo, o deus das tempestades, todo os três oriundos, segundo uma das versões, respectivamente dos olhos e do nariz de Izanagi.
